澳大利亚詹姆斯·库克大学院系设置
该校有四大学院，分别是：
 
文学、教育及社会科学学院；
 
理工学院；
 
医学、健康及分子科学学院；
 
法学、商学及创意艺术学院。
 
学校目前共开设了信息技术、商业、工程、医学和法律、文科、社会科学、教育、科学等学科和专业，提供包括从学士学位到博士学位的170种以上的本科和120种以上的研究生课程。共有教职员4,337名，学生16,599名，其中国际学生4,785名。

澳大利亚詹姆斯·库克大学专业课程
艺术、人文、社会科学：
历史、文学、政治、语言、人类学、考古学、亚太地区发展、犯罪学、环境学、历史、人性化服务、政治、国际关系、心理学、社会学、土著研究、社会工作等。

商学和IT：
会计、商学、经济学、信息技术、旅游等。

创意艺术：
艺术、创意产业、多媒体新闻、新媒体艺术、音乐等。

教育：
教育、指导和咨询等。

工程：
化学、土木工程、计算机系统、电机及电子、环境、机械、工程科学等。

法学：
法学、冲突和争端解决等。

医学和健康：
生物医学与分子科学、牙科、运动生理学、医学、护理、医学检验学、职业病治疗、药剂学、物理疗法、语言病理学、运动和锻炼科学、兽医学等。

新闻、通讯、语言：
语言、写作、新闻与传播等。

理学：
水产养殖和农业、地球科学、生物医学和分子科学、环境及自然保护、生命科学与生物、海洋生物、科学、兽医学等。