传说日本是太阳神创造的，而天皇就是太阳神的子孙 。
公元8世纪时这面旗帜就开始为天皇使用，当时称作“天皇旗” 。
之后日本侵略朝鲜时悬挂的就是这面太阳旗 。
19世纪中叶开始，太阳旗逐渐成为代表日本的旗帜，所有日本船只悬挂着的就是这面旗帜 。
1870年正式定为日本海军旗帜，白色象征神圣、和平、纯洁及正义，红色则象征真挚、热忱、活力和博爱 。
具有讽刺意味的是，第二次世界大战期间，日之丸旗因作为日本侵略军的标志而臭名昭著 。
二战结束后，日之丸旗成为日本代国旗，却由于其在侵略战争中的象征意义而备受争议，因此迟至1999年8月13日才正式被确定为日本国旗 。
这面旗帜在第二次世界大战时也曾经以红太阳加16道红光芒的形式出现，作为日本的陆海军旗，1954年起直到现在仍然是日本的海军旗 。
